臭氧的医学应用起始于上世纪30年代的德国，现已在德国、澳洲、瑞典、意大利、俄罗斯、古巴和美国的一些州广泛应用。目前医用臭氧发生器在临床上的应用形式已发展为：大份额自血疗法，小份额直肠吹入法，臭氧化水法，臭氧气体应用法，皮下注射法，肌肉注入法，体腔注入法等多种疗法。应用这些方法可以广泛治疗内、外、妇儿、口腔等诸多疾患，并取得了很好的治疗效果，颇受广大医院及患者的欢迎。
经研究及临床实践所得，臭氧在医疗卫生领域有着显著的功效，将臭氧溶于纯水，就生成臭氧水溶液，当达到一定的浓度(>4mg/L)时，即可进行创面消毒，如刀伤、擦伤、烫伤、蚊虫叮伤后的创面消毒，可预防创面细菌感染，作为消毒剂治疗因各类细菌、真菌、病毒而引发的妇科病、肛肠病和性病、皮肤病。
据临床实验所示，用臭氧化水法对外科及皮肤科各种病症都有着良好的治愈作用。对伤口感染，久难愈合的疮疡病变，用臭氧水治疗这些疮疡病变得能够迅速杀死各种致病菌，使伤口达到快速愈合，有着提脓化腐，生肌收敛等作用。和一般手术疗法比较有着无痛苦，作用快，应用方便等优点，对各种皮肤顽症如牛皮癣、湿疹、灰指甲、酒糟鼻、脚气和粉刺(痤疮)等疾病，这些由各种真菌及各种致病菌引起的疾病，均有灭活作用。
试验中还证明，臭氧杀菌极快，只要浓度达到一定值的时候，可在极短的时间内将微生物全部杀灭，此阈值为：
细菌系列体为0.3mg/L； 真菌为1.5mg/L；
细菌芽孢为2.2mg/L；
HB3Ag为4.0mg/L。
经权威的医学情报机构检索证明，至今尚未见有臭氧疗法在医学临床应用方面有副作用现象的报道。
臭氧灭菌具有高效、广谱、无毒、灭菌时间短、使用方便等优点，所以受到国内外医疗单位和生产企业的重视。
其它疾病的治疗：
烧伤的治疗用臭氧水对创面清污冲洗及对患部进行消毒杀菌，减少病人的痛苦，可以得到滿意的效果。皮肤是人体的保护层，一但暴露，各种病菌（达九种之多）入侵，造成伤口长期交叉感染，难以治愈，但采用高浓臭氧水（5mg/L以上）进行冲洗，细菌在20秒内就可被100%杀灭。
臭氧还应用于创伤的临床治疗、口腔疾病的治疗、皮肤病的治疗、术前灌肠冲洗等。
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